指紋的應(yīng)用，以刑事鑒識使用最廣為人知，但隨著資訊科技的發(fā)展及電腦的儲存容量與演算能力的增強(qiáng)，克服了過去需要龐大的空間儲存指紋資料庫及費(fèi)時耗力的人工比對時間等二大難題，也使指紋的應(yīng)用不再局限於刑事用途，進(jìn)而跨足到其他領(lǐng)域。
而且簽名、印章均可以模仿，唯獨(dú)指紋無法造假，重要契約或文件上，若以指紋替代印鑒并與簽名共存，則可免於被偽造或變造。
指紋辨識還有助於意外災(zāi)害罹難者的身分確認(rèn)，若死者身上無證件、尸體殘缺、腐爛及相貌無法辨認(rèn)的情況下，如可采得指紋，仍可透過指紋比對確認(rèn)其身分。另外臺灣已步入高齡化社會，如能建立國民指紋檔案，將可改善失智老人、游民、路倒病患等身分確認(rèn)的社會問題。
然而這項政策的推動卻遭到人權(quán)團(tuán)體的集體反對聲浪，種種的懷疑挑戰(zhàn)指紋技術(shù)的公信力。
此外，指紋建檔目前為非強(qiáng)制性，是由家長主動前往申請捺印，如家長從未遇到孩子走失的問題，通常不會主動前往警局為孩子申請捺印。
人權(quán)團(tuán)體反對建立全民指紋檔的立場，認(rèn)為將全民指紋建檔會侵犯到相關(guān)的人身隱私資料，在沒有確切違法犯罪跡象時，政府公權(quán)力不能干預(yù)人身自由；這使得國民身分證是否全民指紋建檔遇到困難。
人權(quán)團(tuán)體也指出，政府若采集人們指紋建檔，就是假設(shè)全部百姓都是犯罪，侵入個人隱私、不尊重人權(quán)，是行政權(quán)侵犯基本人權(quán)的行為，而且至今全世界只有少數(shù)國家有此建檔，美國、日本都沒有這套建檔系統(tǒng)。
雖然全民指紋建檔的確有助於警政、戶口系統(tǒng)，經(jīng)比對容易找到嫌疑犯、死傷者等名單，但如何控制使用它卻是個難題，誰能保證不會落入非法之徒的手中，制造出更多的社會問題？況且犯罪技術(shù)越來越進(jìn)步，買個手套戴上再犯罪不是件難事，對犯罪偵查來說，恐怕指紋建檔也無用武之地。
技術(shù)面上，指紋模型會因手指在辨識器上產(chǎn)生的壓力、姿勢與濕度產(chǎn)生變化，疤痕、繭與手指頭裂痕也會導(dǎo)致指紋特徵變動，甚至一般的家用清潔劑就可能磨損手指紋路，影響判讀資料；還有接觸資料庫管理的人員與非法侵入者在某些情況下刻意修改資料庫中既存資料，或在傳送資料途中對指紋檔動手腳，都是無法控制的意外情況。
系統(tǒng)網(wǎng)路部分
采封閉式網(wǎng)路，設(shè)置防火墻，以防止病毒及駭客的入侵；并且系統(tǒng)可以偵測入侵者與入侵點(diǎn)。
資料管理部分
建置組織內(nèi)部人員的電子簽章系統(tǒng)，資料的存取、修改均需先經(jīng)過授權(quán)，由人員以授權(quán)密碼登入系統(tǒng)。
操作者部分
系統(tǒng)操作人員需先建立指紋資料檔，經(jīng)系統(tǒng)確認(rèn)是本人無誤後始能登入系統(tǒng)，操作系統(tǒng)相關(guān)設(shè)備。
微軟創(chuàng)辦人比爾蓋茲曾公開表示，目前網(wǎng)路安全管理最弱的是用密碼來辨識身份，解決之道是舍棄密碼，改用生物辨識科技認(rèn)證身分。預(yù)測「生物辨識科技」將成為下一世紀(jì)影響網(wǎng)路商業(yè)發(fā)展之關(guān)鍵技術(shù)。
成熟的指紋辨識技術(shù)
指紋技術(shù)的進(jìn)步使得辨識器的錯誤率減少、成本也已降低，現(xiàn)階段的指紋辨識器體積越來越小，辨識時間也都少於1秒，再加上人性化的管理介面，易用度相當(dāng)高；至於FAR（誤判率，將不合法使用者辨認(rèn)為合法使用者的機(jī)率，代表安全程度）更是依應(yīng)用不同而被要求低於10萬分之1至100萬分之1，而FRR（拒判率，將合法使用者誤判為不合法使用者的機(jī)率，代表便利程度）則是1/30~1/100，視機(jī)器不同而有所分別；其安全程度與便利度都已達(dá)到成熟階段。另外輸入裝置的解析度，依FBI的規(guī)定為500dpi，以便於指紋資料的交換。
指紋建檔的優(yōu)勢
在指紋辨識技術(shù)日益進(jìn)步的同時，其應(yīng)用面也日見廣泛；日前臺北市政府力推的指紋建檔政策，即指出指紋建檔可補(bǔ)足身分證相片辨識作用的缺陷，人的面像會隨著年齡或環(huán)境可能產(chǎn)生改變，因此身分證上照片與本人多少會有差異，唯指紋具有永久不變的特性，可補(bǔ)相片辨識的不足。
指紋建檔等於全民罪犯？
其實(shí)指紋辨識的技術(shù)已經(jīng)達(dá)到純熟階段，但仍無法克服普遍應(yīng)用瓶頸的問題在於隱私權(quán)的考量，及對指紋建檔的信任度不足。
指紋資料安全性
根據(jù)清華大學(xué)電機(jī)工程研究所教授許文星指出，指紋建檔被誤用栽贓的情形很難發(fā)生，因?yàn)殡娔X上指紋的資料只將受測影像由程式轉(zhuǎn)為特徵值紀(jì)錄檔，這對一般人而言，只不過是數(shù)字和英文字母，況且存檔的是指紋特徵值，而非指紋圖像。 此外為了確保指紋資料管理及傳輸安全，相關(guān)單位可朝下列方向努力∶
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